Născut în 1871, în familia dascălului Nicolae Halippa din satul Cubolta, județul Soroca. Mama lui – Paraschiva – era fiica preotului din Vozdu, același județ Soroca. Soții Halippa au avut cinci copii: Ion, Maria, Cazunia, Natalia și Pantelimon. Precum era și firesc, parinții l-au îndemnat pe Ion să-și aleagă profesia tatălui, adică să intre în tagma bisericească. A urmat, consecutiv, școlile: primară din Cubolta, duhovnicească din Edineț, Seminarul teologic din Chișinău, Academia teologică din Kiev. În 1895 proaspătul candidat în teologie se reîntoarce în capitală gubernială a Basarabiei fiind angajat în funcția de ajutor al inspectorului seminarului din Chișinău. Își aduce o contribuție substanțială și în domeniul arheologiei. În prima jumătate a secolului XX a fost asasinat de bolșevici într-o închisoare.